Secara geografis, Kabupaten Kotabaru terletak antara 2020'–4056’ Lintang Selatan dan 115029'–116030' Bujur Timur; sedangkan pembagian Grid Provinsi terletak antara Grid AD–CH dan 34–57 dengan salib sumbu Grid pada koordinat UTM X = 331.931–450.530 m dan Y = 9.453.901–9.744.170 m.
Letak Kabupaten Kotabaru di sebelah Tenggara Provinsi Kalimantan Selatan, yang berbatasan dengan :
- Sebelah Utara berbatasan Kabupaten Pasir, Kalimantan Timur
- Sebelah Barat berbatasan Kabupaten Balangan, Kabupaten Hulu Sungai Tengah, Kabupaten Banjar dan Kabupaten Tanah Laut,
- Sebelah Selatan berbatasan Kabupaten Tanah Bumbu dan Laut Jawa,
- Sebelah Timur berbatasan Selat Makassar.